sirna設計

❶ 在invitrogen上設計得到的siRNA只有一條，是從5端到3端的吧，公司合成時會按雙鏈合成的

看你自己設計時候的選項。如果選的是發夾結構，雖然是單鏈，但是自己會形成發夾雙鏈結構，如果是很短的（20bp），則是單鏈

❷ 設計sirna時19個鹼基和21個鹼基的區別

抑制劑與rna干擾哪個效果更好
RNA干擾（RNA interference，RNAi）是通過抑制轉錄後水平的基因表達而誘導功能缺失表型的有力工具。由dsRNA（double-stranded RNA）引發的特定基因表達受抑制現象稱為RNA干擾作用。

dsRNA（double-stranded RNA）可以介導基因沉默作用，以dsRNA為基點研究基因沉默的分子機製成為熱點。dsRNA指的是大於30個鹼基對的RNA分子。哺乳動物細胞有至少2條路徑競爭雙鏈RNA(dsRNA)，其一是特異性路徑：特殊dsRNA的序列用於RNAi，起始階段dsRNA被切成siRNA（small interfering RNA 或short interfering RNAs）。siRNA是RNA干擾作用賴以發生的重要中間效應分子，能提供一定的信息，允許一個特定的mRNA被降解。siRNA正義鏈與反義鏈各有21個鹼基，其中19個鹼基配對，再每條鏈的3』端都有2個不配對的鹼基。
另一條是非特異性路徑：只要有長的dsRNA的存在它可以降解所有的RNA，抑制所有蛋白質的合成。長的dsRNA激活蛋白激酶PKR，激活的PKR通過一系列的磷酸化關閉翻譯起始因子，導致翻譯抑制。也可以通過激活2』－5』AS 合成一個分子激活RNase L，導致非特異的RNA降解。
關於特異性的RNA作用機制模型，包括起始階段和效應階段。起始階段dsRNA在Dicer酶（RNaseIII家族中特異識別雙鏈RNA的一員，屬內切核酸酶）的作用下加工裂解21－23核甘酸長的小分子干擾RNA片斷（siRNA）。Dicer含有解旋酶活性以及dsRNA結合域和PAZ結構。
在RNAi 的效應階段，siRNA雙鏈結構解旋並形成有活性的蛋白/RNA復合物（RNA－inced silencing complex or RISC），在siRNA 解雙鏈即RISC激活過程需一個ATP。由RISC中siRNA反義鏈與mRNA互補區域結合，隨後切割mRNA從而達到在RNA水平干擾基因表達。RISC由多種蛋白成分組成，包括核酸酶，解旋酶和同源RNA鏈搜索活性等。

❸ 如何設計有效的siRNA

1.化學合成

盡管化學合成是最貴的方法，但是卻是最方便的——研究人員幾乎不需要做什麼工作。包括Ambion和Qiagen公司都可以根據用戶要求提供高質量的化學合成siRNA。主要的缺點包括價格高，定製周期長，特別是有特殊需求的。由於價格比其他方法高，為一個基因合成3—4對siRNAs 的成本就更高了，比較常見的做法是用其他方法篩選出最有效的序列再進行化學合成。

最適用於：已經找到最有效的siRNA的情況下，需要大量siRNA進行研究

不適用於：篩選siRNA等長時間的研究，主要原因是價格因素

2.體外轉錄

通過體外轉錄的方法可以合成siRNAs，這樣的成本相對化學合成法而言比較低，是一種性價比高的篩選siRNAs的好方法。更重要的是採用這種方法能夠比化學合成法更快的得到siRNAs。以Silencer
siRNA Construction Kit為例，一旦得到DNA
Oligo模版（這個還是需要DNA合成的，不過DNA合成的成本就比較低了），只要24小時就可以，不需要等很久。這個方法的不足之處是實驗的規模受到限制，雖然一次體外轉錄合成能提供足夠做數百次轉染的siRNAs，但是反應規模和量始終有一定的限制。而且和化學合成相比，還是需要佔用研究人員相當的時間——畢竟，化學合成只需要定購就可以了。值得一提的是體外轉錄得到的siRNAs只要較低的濃度就可以達到化學合成siRNAs較高濃度得到的效果（0.5-20nM
vs. 50-100 nM per transfection ）

最適用於：篩選siRNAs，特別是需要制備多種siRNAs，化學合成的價格成為障礙時。

不適用於：實驗需要大量的，一個特定的siRNA。長期研究。

❹ SiRNA設計後BLAST同其他基因組有部分匹配有關系嗎

Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白質資料庫或DNA資料庫中進行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開資料庫進行相似性序列比較。BLAST結果中的得分是對一種對相似性的統計說明。 BLAST 採用一種局部的演算法獲得兩個序列中具有相似性的序列。 Blast中常用的程序介紹： 1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的序列比對。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。 3、BLASTN是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。 4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。 5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對會產生36種比對陣列。

❺ siRNA轉染實驗

1.設計合成有效的siRNA
RNAi的核心需要siRNA對相應mRNA進行有效的結合和作用。siRNA的設計合成首先很重要，最優的設計可以用最小的工作濃度取得滿意的沉

默效果，減少副反應的發生。siRNA的設計可以通過檢索,優先選用經過驗證的siRNA或設計多對siRNA。需要強調的是，需要同時設置陰性對照以排
除非特異沉默現象和陽性對照以確認整個實驗體系的有效性。
2.合成的siRNA注意純度和工作濃度
siRNA的合成需要注意的是一定要選用高純度的siRNA，siRNA的純度直接關繫到轉染效率和沉默效率。siRNA的工作濃度和siRNA的設計、細胞種類、目標基因有關。建議一定進行相關的預實驗優化各條件。
3.選擇合適的siRNA轉染試劑
選擇合適的siRNA轉染試劑是的RNAi實驗成功另一個關鍵。由於細胞毒性對siRNA實

驗的影響非常大，可以直接影響實驗結論和結果，所以一定選擇低毒性的轉染試劑，看一個轉染試劑毒性是否低，有一個簡單的方法，看轉染的過程和要求，比如要

求的細胞密度越大，說明毒性越大，比如轉染復合物容許和細胞孵育的時間越短，說明毒性越大。除了低毒性，還最好操作簡便，越簡單越好，比如有的轉染試劑要

求轉染前換無血清培養基或低血清培養基，轉染後又要有血清培養基，實際上，由於培養條件的頻繁變化，可能會對細胞表達模式產生影響，對後續的mRNA和蛋
白分析也同樣產生影響，最終影響實驗的可靠性。

❻ 篩選的sirna可以直接用於設計shrna嗎

siRNA 基因沉默子進入來培養細胞，可快速自有效地短暫地降低靶基因的表達。使用嘌呤酶素選擇 shRNA 或 shRNA 慢病毒顆粒是一種達到穩定基因沉默的方法。因此，如果一個靶基因的蛋白轉換較慢，shRNA 質粒或 shRNA 慢病毒顆粒應該是達到同樣效果的理想...

❼ siRNA有哪些設計

以前人們一般應用較長的dsRNA作為基因沉默的工具，但後來發現長鏈dsRNA特異性較差。它不僅可激活RnaseL，導致非特異性RNA降解，而且還能激活依賴於dsRNA的蛋白激酶R（protein：kinase：R，PKR），PKR可磷酸化翻譯起始因子e：IF2並使其失活，從而抑制翻譯起始。後來人們發現小於30bp的dsRNA即可有效引起基因沉默，並且不會產生非特異抑制現象，進一步研究表明抑製作用最強的是長21bp、3′端有兩個鹼基突出的siRNA。

但RNAi技術要求siRNA反義鏈與靶基因序列之間嚴格的鹼基配對，單個鹼基錯配就會大大降低沉默效應，而且siRNA還可以造成與其具同源性的其他基因沉默（也叫交叉沉默），所以在siRNA的設計中序列問題是至關重要的。要求所設計的siRNA只能與靶基因具高度同源性而盡可能少的與其他基因同源。

設計siRNA序列應注意以下幾點：①從靶基因轉錄本（mRNA）起始密碼子AUG開始，向下游尋找AA雙核苷酸序列，將此雙核苷酸序列和其下游相鄰19個核苷酸序列作為siRNA序列設計模板，有研究結果顯示GC含量在45%55%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效；

②每個基因選擇45個siRNA序列，然後運用生物信息學方法進行同源性比較，例如使用BLAST（www.ncbi.nlm.nih.govBLAST），剔除與其他基因或EST序列有同源性的序列，選出一個特異性最強的siRNA進行合成；

③盡量不要以mRNA的5′端和3′端非翻譯區及起始密碼子附近序列作為設計siRNA的模板，因為這些區域有許多調節蛋白結合位點（如翻譯起始復合物），調節蛋白會與RISC競爭結合靶序列，降低siRNA的基因沉默效應。

❽ 怎麼在NCBI上查到11-β HSD1的mRNA序列，怎麼設計siRNA來做RNA干擾沉默該基因呢

很基礎的問題啊，在NCBI上search：gene,下面的對話框輸入你要找的基因的名稱，會出專來相關的基因序列，看你要屬找什麼物種的，一般是人和鼠的，如人的後綴是Homo sapiens，鼠的是Mus musculus。點擊你要的序列號，會進入這個基因的基本信息，一直往下拉會看到mRNA and Protein(s) ，NM開頭的序列號就是其CDNA的序列了。關於SiRNA，需要去網站搜索，如invitrogen,promega,等大型生物網站都有相關的tools給你設計，很方便！http://jura.wi.mit.e/bioc/siRNAext/siRNA_search.cgi?tasto=10925811，你去試試吧

❾ 知不知道有哪些在線設計siRNA的網址

發物種，基因名至@ribobio.com即可
On-line tools for designing RNAi probes Design tool
Reference
-->Ambion siRNA Target Finder Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Dharmacon siDesign Reynolds A, Leake D et al.
-->Clontech siRNA designer Elbashir SM, Lendeckel W et al.
-->DEQOR Henschel A, Buchholz F et al. EMBOSS SIRNA Elbashir SM, Harborth J et al. siRNA design Yiu SM, Wong PW et al. https://www.genscript.com/ssl-bin/app/rnai Wang L, Mu FY.
-->IDT siRNA design Parrish S, Fleenor J et al. Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Interagon Saetrom P.
-->siRNA at Whitehead Yuan B, Latek R et al. Invitrogen BLOCK-iT(tm)
-->T7 RNAi Oligo Designer Dudek P, Picard D. siDirect Naito Y, Yamada T et al. siSearch Chalk AM, Wahlestedt C et al.