簡並引物設計

⑴ 簡並引物是什麼設計的原則或原理是什麼

利用NCBI搜索不同物種中同一目的基因的蛋白質或cDNA編碼的氨基酸序列 因為密碼回子的關系，不同是指代表編碼答單個氨基酸所有不同鹼基可能性的不同序列的混合物。密碼子具有簡並性，單以氨基酸順序推測編碼的DNA序列是不精確的，但可以設計成對簡並引物，擴增所有編碼已知順序的核酸序列。用簡並引物時寡核苷酸中核苷酸序列可以改變，但核苷酸的數量應相同。的核苷酸序列可能表達的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的

⑵ 抉擇：簡並引物設計的最佳設計軟體

一直用primer，還有實驗室老闆自己寫的一個軟體，感覺詫異都不大，因為基本的要滿足的要素都是一樣的，最後也都能拿到蛋白，CODEHOP沒用過，感覺萬變不離其宗。

⑶ 能不能指點一下簡並引物怎麼設計

① 引物應在核酸系列保守區內設計並具有特異性。
引物與非特異擴增序列的同源性不要超過70%或有連續8個互補鹼基同源。

② 產物不能形成二級結構。
某些引物無效的主要原因是引物重復區DNA二級結構的影響，選擇擴增片段時最好避開二級結構區域。

③ 引物長度一般在15~30鹼基之間。

④ G+C含量在40%~60%之間。

⑤ 鹼基要隨機分布。
引物中四種鹼基的分布最好是隨機的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不應超 過3個連續的G或C，因這樣會使引物在G+C富集序列區錯誤引發。

⑥引物自身
引物自身不應存在互補序列，否則引物自身會折疊成發夾狀結構牙引物本身復性。這種二級結構會因空間位阻而影響引物與模板的復性結合。若用人工判斷，引物自身連續互補鹼基不能大於3bp。

⑦引物之間
兩引物之間不應不互補性，尤應避免3′端的互補重疊以防引物二聚體的形成。一對引物間不應多於4個連續鹼基的同源性或互補性。

⑧ 引物5′端可以修飾。
引物的5′端限定著PCR產物的長度，它對擴增特異性影響不大。因此，可以被修飾而不影響擴增的特異性。引物5′端修飾包括：加酶切位點；標記生物素、熒光、地高辛、Eu3+等；引入蛋白質結合DNA序列；引入突變位點、插入與缺失突變序列和引入一啟動子序列等。

⑨ 引物3′端不可修飾。
引物的延伸是從3′端開始的，不能進行任何修飾。3′端也不能有形成任何二級結構可能，除在特殊的PCR（AS-PCR）反應中，引物3′端不能發生錯配。

⑩ 引物3′端要避開密碼子的第3位。
如擴增編碼區域，引物3′端不要終止於密碼子的第3位，因密碼子的第3位易發生簡並，會影響擴增特異性與效率。

⑷ 如何對含有簡並鹼基的序列設計引物

根據密碼子的兼並性,常用一個符號代替某兩個或者更多鹼基。例如，編譯丙氨版酸權的可以有4個密碼子：GCU\GCC\GCA\GCG,這時生物學上為了方便，用字母N指代UCAG四個鹼基，故說編譯丙氨酸的密碼子是GCN，其中N就是簡並鹼基。
通常生物學上根據蛋白質序列設計引物進行對應DNA克隆時，由於密碼子的兼並性，對設計的引物上的某些鹼基就會用簡並鹼基標示，在合成時各種鹼基等量分配，也就是說，合成的簡並引物是很多種引物的集合，其區別就在於簡並鹼基。

⑸ 簡並引物 特異引物 還有16s的引物有什麼不同 用它們PCR出來的產物 看條帶能看出來嗎

1、簡復並引物 ：序列未完全清楚的制核酸的一種引物設計方案,比如TGGC(x)AAT,則設計引物時（X）位置可分別用ATCG四條引物
特異引物 ：這個不用說吧,就是序列清楚後自己根據上下要設計的普通引物
16s的引物：常被用於鑒定,一般引物可在文獻、網站上找到.16S rRNA所對應的 16S rDNA基因在細菌基因組中具有高度保守性；對於同一種細菌其16S rDNA基因組的同源性應大於70 %.對16S rDNA而言,如果出現3個鹼基以上的差異就可以斷定細菌不屬於同一種屬；
2、PCR出來的產物看條帶比較的是大小,16S rDNA挺多用的是150bp左右的,但簡並引物和特異引物則看具體情況了,如果設計的引物區間差異大,是可以分開的

⑹ 如何用 primer premier5 設計引物 要 簡並引物 給個詳細流程。謝謝

給個郵箱，我把流程發給你....有截圖的那種，這樣沒法寫

⑺ 簡並引物中可以有連續兩個簡並鹼基嗎

可以，一般很少有連續2個鹼基兼並的，你是要反轉錄？還是做PCR

⑻ 各位大神，求助大神們怎麼設計簡並引物

中文名稱：簡並引物來英文名稱：源 degenerate primer 定義：獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設計方案,特點是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的鹼基,結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物. 應用學科：生物化學與分子生物學（一級學科）；方法與技術（二級學科）

⑼ 用簡並引物擴增基因 需要用高保真酶嗎

用簡並引物擴增基因 需要用高保真酶
一般對於已知序列的PCR當然不要專從保守序列來設計引屬物,只要從開放可讀框前後開始設計就行了.需要從保守序列設計引物的情況一般是兩種,一是某個物種裡面某個特定基因序列從未被分離過,但其進化關系相近的物種有分離出這個基因的同源基因,這樣我們可以調取這些同源基因,對比查看它們的保守序列設計引物,然後就利用這對引物就可以獲得這個物種的這個基因的部分序列.然後再設計RACE獲得全長序列.另外一種情況則是設計通用引物,很多情況下我們並不需要知道某些基因的全部信息,只要知道他有沒有,這種時候就可以根據保守序列設計通用引物.這樣的引物可以跨越很多物種獲取同一個基因的信息,而不需要根據某特異的物種額外設計多種引物.（搬運過來的，希望對你有幫助）

⑽ 熒光定量簡並引物可行嗎

完全可以,我都做成產品了