測序設計

『壹』 測序引物是怎麼設計的

在互補鏈設計的dna引物序列。一般是pcr產物的下游引物，如果連接到載體上可以使用載體通用的下游測序引物。

『貳』 測序引物是怎麼設計的

和PCR引物類似，都是用引物設計軟體設計的，如果primer5.只是將引物的類型改為sequencing primer

『叄』 在良好的結果上設計引物測序為什麼會出現無信號

樣品本身被污復染,這常制常發生在樣品為質粒和菌液的情況中.當使用通用引物測序時,如果剛好和樣品中的幾個質粒均能結合,那麼就會出現這種情況,而且在同一位置上還可能有不止兩個峰形；樣品不是單一模板,這常常發生在樣品為PCR產物的情況中.由於使用的是特異性引物,因此即使模板中有其他DNA的存在,產生干擾的可能性也很小.通常是由於存在兩條分子量很接近,採用瓊脂糖電泳無法分開的條帶,在測序時就會發生這種情況；
樣品中存在兩個引物結合位點,這常常發生在樣品中存在重復序列的情況下.當引物恰好設計在重復序列中時,那麼在重復序列以外的部分就會出現Twopattern的情況；所用的測序引物不純,這種情況一般發生在PCR產物測序中.因為PCR測序一般使用的都是PCR擴增引物,如果引物本身不純,測序結果會出現雙峰.所以我們測序的引物一般要求都是要經過PAGE純化的；測序樣品序列中存在如重復序列,poly結構,發夾結構等復雜結構導致測序信號出現亂峰.

『肆』 我的測序結果存在這樣的polyT結構，我想以此位點設計引物，請問可行嗎

我一般不會選用這種引物測序，如果是要避開POLY結構可以採取雙向測序。
不過，就你列舉的這個序列直接測，應該不會受太大影響，根據我的經驗像這種被隔開的POLY不容易影響測序結果，只有在連續的POLY大於8個鹼基時才會影響測序。

『伍』 如何利用測序得到的read1和read2來設計引物

有專門的引物設計軟體，可以用來快速設計引物。

『陸』 設計引物要先對模板DNA測序嗎不測序的話又如何知道能設計出鹼基互補的引物呢

引物： 引物是PCR特異性反應的關鍵，PCR 產物的特異性取決於引物與模板DNA互補的回程度。理論上，答只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其設計互補的寡核苷酸鏈做引物，利用PCR就可將模板DNA在體外大量擴增。
但在設計引物時還應該遵循以下原則：
①引物長度： 15-30bp，常用為20bp左右。
②引物擴增跨度： 以200-500bp為宜，特定條件下可擴增長至10kb的片段。
③引物鹼基：G+C含量以40-60%為宜，G+C太少擴增效果不佳，G+C過多易出現非特異條帶。ATGC最好隨機分布，避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
④避免引物內部出現二級結構，避免兩條引物間互補，特別是3』端的互補，否則會形成引物二聚體，產生非特異的擴增條帶。
⑤引物3』端的鹼基，特別是最末及倒數第二個鹼基，應嚴格要求配對，以避免因末端鹼基不配對而導致PCR失敗。
⑥引物中有或能加上合適的酶切位點，被擴增的靶序列最好有適宜的酶切位點，這對酶切分析或分子克隆很有好處。
⑦引物的特異性：引物應與核酸序列資料庫的其它序列無明顯同源性。

『柒』 測序預測的lncrna怎麼設計引物

您好 ①包括細胞質內的細胞器，細胞質包括細胞質基質和細胞器 ②原生質層是由細胞膜、液泡膜和兩層膜之間的細胞質構成的，它是植物細胞特有的一種結構，具有選擇透過性。細胞核及液泡裡面的細胞液都是原生質的組成部分，但不是原生質層的組成部分

『捌』 測序引物是怎麼設計的

和PCR引物類似，都是用引物設計軟體設計的，如果primer5.只是將引物的類型改為sequencing
primer

『玖』 轉錄組測序獲得生物公司提供的基因序列號後，如何知道基因名稱，以便用於設計引物，開展驗證實驗

基因ID可以直接去NCBI查

『拾』 第三代DNA測序實驗室設計方案

確實如此，二代實驗室測序已經完善，三代慢慢成熟，四代DNA測序實驗室正在研發。

第三代基因測序技術又被為"Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing"（單分子實時DNA測序技術），該方法基於納米孔的單分子讀取技術，不需要擴增即可快速讀取序列。目前，Pacific Biosciences公司已經成功推出了商業化的第三代測序儀PacBio RS平台，使得第三代測序正式走入人們的視角。

PacBio RS II是Pacific Biosciences公司研發的單分子實時測序系統（Single Molecule Real Time, SMRT），其專利的SMRT Cell含有15,000個納米級的零模波導孔（zero-mode waveguides, ZMWs），每個ZMW都能夠包含一個DNA聚合酶及一條DNA樣品鏈進行單分子測序，並實時檢測插入鹼基的熒光信號。深圳創美實業已經對第三代DNA測序實驗室有著嫻熟的技術，並且已經通過認可。具體可以訪問他們的官網