在線引物設計
① 為什麼在線引物設計軟體設計的引物在目標基因內找不到對應序列
一般對於已知序列的PCR當然不要從保守序列來設計引物,只要從開放可讀框內前後開始設容計就行了.需要從保守序列設計引物的情況一般是兩種,一是某個物種裡面某個特定基因序列從未被分離過,但其進化關系相近的物種有分離出這個基因的同源基因,這樣我們可以調取這些同源基因,對比查看它們的保守序列設計引物,然後就利用這對引物就可以獲得這個物種的這個基因的部分序列.然後再設計RACE獲得全長序列.另外一種情況則是設計通用引物,很多情況下我們並不需要知道某些基因的全部信息,只要知道他有沒有,這種時候就可以根據保守序列設計通用引物.這樣的引物可以跨越很多物種獲取同一個基因的信息,而不需要根據某特異的物種額外設計多種引物.（搬運過來的，希望對你有幫助）
② 微衛星引物設計的時候有要求3『端不能是A嗎為什麼，在線等待
這個在引物設計上都是不建議3『端是A，T的，因為A,T只有兩個氫鍵，結合力不如GC強，而且做PCR，要求的就是3'端嚴格匹配且穩定，最好不要是連續的AT,並最好以C或G結尾，當然如果實在沒法設計，最後一位怎麼也不能設計到GC上，也盡量控制末端的幾個鹼基里GC多一點。
希望能夠幫到你~望採納~謝謝~
③ 如何在線設計qPCR引物
如果反轉錄體系裡面有基因組殘留，而且你的引物沒有跨內含子，這樣的情況下就很容易造成你的ct偏小（除了cdna擴增外，基因組的模板也會作為模板進行擴增，導致模板起始量偏高）；cdna逆轉後是切除內含子的，而基因組是存在內含子的，如果你的引物設計在了跨兩個外顯子的區域，則只能擴增cdna而不擴增基因組。
引物不跨外顯子設計也可以，但是必須保證你用的逆轉錄試劑盒裡面的gdna
wiper
可以完全去除你的基因組，你實驗的時候可以做一個nrt的對照看一下有沒有基因組污染。我做好幾個基因的引物就沒有跨外顯子設計，用的是r223
hiscript
ⅱ
q
rt
supermix
for
qpcr(+gdna
wiper)，每次nrt也沒有擴增，去除基因組效果不錯。
④ 在線Primer3引物設計怎麼用
首先是看你設計的引抄物是干什麼用的 如果是用來做普通PCR檢測 或者 Realtime PCR的話 把mRNA序列拷貝進去 選擇相應大小 原則上講 普通PCR產物大小在250~600bp Realtime PCR的產物大小控制在100到200之間最好 最大不超過250 系統給出的引物對進行BLAST分析 選擇跨外顯子引物對
不需要太關心引物設計經典規則 比如末端不能有什麼鹼基 GC%是多少 Primer3自己的設計演算法非常好 及時設計出的引物有二聚體 發卡結構等絕大多數情況都不影響使用 甚至是非常好用
如果是擴則固定序列的話 基本不需要使用Primer3 看一下GC%比較平均 沒有連續重復序列的就可以了 這部分是另說
⑤ primer3引物設計結果怎麼只有下游引物是原基因的互補序列，上游引物是原序列直接在線設計的
對的 就是這樣的 好好學學PCR原理吧孩子~
⑥ 已知一個SNP位點，怎麼設計引物用在線的引物設計。
比如說用primer3，你就把找到的包括這個SNP的一段序列進去，在你的snp周圍用方括弧包括一段序列，然後讓primer3設計就可以了
⑦ 簡並引物是什麼設計的原則或原理是什麼在線等，急！！！
http://ke..com/view/3796392.htm?fromTaglist
中文名稱：
簡並引物
英文名稱：
degenerate primer
定義：
獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設計方案，特內點容是所設計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的鹼基，結果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。
應用學科：
生物化學與分子生物學（一級學科）；方法與技術（二級學科）
⑧ 怎樣在線做PCR引物設計
網路輸入primer3，應該有2-4個網站可以設計引物，直接把序列放進去就可以了
⑨ 如何在線設計qPCR引物
設計引物原則
（1）引物最好在模板cDNA的保守區內設計；
（2）引物長度一般在15~30鹼基之間，過回長會導致其延伸溫度大於答74℃，不適於TaqDNA聚合酶進行反應；
（3）引物GC含量在40%~60%之間，Tm值最好接近72℃。引物的Tm值是寡核苷酸的解鏈溫度，一般計算公式Tm=4（G+C）+2（A+T）估計引物的Tm值；
（4）引物自身及引物之間不應存在互補序列。引物自身不應存在互補序列，否則引物自身會折疊成發夾結構使引物本身復性；
（5）引物應具有特異性。引物設計完成以後，應對其進行BLAST檢測。如果與其它基因不具有互補性，就可以進行下一步的實驗了；
（6）引物擴增長度：一般RT-PCR引物擴增長度在100-200bp,常規PCR擴增長度建議200-500bp。一般PCR產物達到2-3k長度也是可以的，但要考慮到可能引入突變，因此建議使用高保真的聚合酶。