甲基化引物設計

Ⅰ 如何設計甲基化引物

設計甲基化引物可以找專門做甲基化引物設計的單位，這里給你推薦北京的閱微基因。

Ⅱ 設計引物說有不同的轉錄體時,怎麼進行挑選

DNA甲基化是最早發現的修飾途徑之一，真核生物中甲基化僅發生於胞嘧啶，即在DNA甲基化轉移酶（DNMTs）的作用下的CpG二核苷酸5』端的胞嘧啶轉變為5』-甲基胞嘧啶。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因表達。DNA甲基化通常抑制基因表達，去甲基化則誘導了基因重新活化和表達。這種DNA修飾方式在不改變基因序列的前提下實現對基因表達的調控。脊椎動物DNA甲基化狀態與生長發育調控及生理狀態密切相關，比如在腫瘤發生時，抑癌基因CpG島以外的CpG序列非甲基化程度增加，CpG島中的CpG則程高度的甲基化狀態，導致抑癌基因表達的下降。
原核生物中甲基化多發生在CCA/TGG和GATC序列；真核生物中DNA甲基化一般發生在CpG位點上；哺乳動物DNA甲基化只發生在CpG島的胞嘧啶，植物甲基化發生在CpG和CpNpG。甲基化會使胞嘧啶轉為5-甲基胞嘧啶，CpG位點在基因組是不常見的，主要密集於接近基因啟動子的位置，統稱為CpG島。CpG位點的甲基化可以對基因表現有重要的影響。
哺乳動物中，CpG序列在基因組中出現的頻率僅有1%，遠低於的其它雙核苷酸序列。但在基因組的某些區域中CpG序列密度很高，可以達均值的5倍以上即所謂的CpG島。通常，CpG島大約含有500多個鹼基，位於基因的啟動子區或第一個外顯子區。 在哺乳動物基因組中約有4萬個CpG島，而且只有CpG島的胞嘧啶能夠被甲基化。

Ⅲ 如何設計針對基因特定外顯子的引物

如何設計針對基因特定外顯子的引物
一種全新的DNA甲基化研究方法——Pyrosequencing技術
DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉移酶（DNA methyl-transferase,Dnmt）催化S-腺苷甲硫氨酸作為甲基供體,將胞嘧啶轉變為5-甲基胞嘧啶（mC）的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是唯一存在的化學性修飾鹼基.CG二核苷酸是最主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區域,在哺乳動物中mC約佔C總量的2－7％.一般說來,DNA的甲基化會抑制基因的表達.DNA的甲基化對維持染色體的結構、X染色體的失活、基因印記和腫瘤的發生發展都起重要的作用.
CpG雙核苷酸在人類基因組中的分布很不均一,而在基因組的某些區段,CpG保持或高於正常概率,這些區段被稱作CpG島.CpG島主要位於基因的啟動子和第一外顯子區域,約有60％以上基因的啟動子含有CpG島.CpG甲基化的研究在腫瘤的研究中有著非常主要的地位.通過基因啟動子區及附近區域CpG島胞嘧啶的甲基化可以在轉錄水平調節基因的表達,從而引起相應基因沉默,去甲基化又可恢復其表達.DNA甲基化在生理情況下就參與了控制基因的時空表達,在腫瘤發生時,腫瘤細胞全基因組低甲基化是一個重要特徵.腫瘤細胞基因組甲基化的程度與正常細胞相比僅為20-60% ,同時伴有局部區域基因的高甲基化,包括腫瘤抑制基因、抑制腫瘤轉移和浸潤的基因、細胞周期調節基因、DNA修復基因、血管形成抑制基因等.但是目前研究手段的局限,限制了DNA甲基化的廣泛研究.
近年來,研究者不斷探索定性及定量檢測單個或多個甲基化位點的方法,但由於甲基化多態性區域存在的密度很高,所以對於延伸反應其引物的位置很難設計.Pyrosequencing技術作為一種新的序列分析技術,能夠快速地檢測甲基化的頻率,對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測,為甲基化研究提供了新的途徑.

Ⅳ bsp甲基化引物設計是根據目的序列還是根據甲基化修飾後的目的序列來設計引物

是根據亞硫酸鹽處理後的序列設計引物，就是C都變成了T，但是CG是不變的。
設計引物的時候，引物序列盡量不要有cg，
有專門的引物設計的網站：網路一下就可以了，這個不讓發網站信息的。

Ⅳ 如何設計特定基因的甲基化水平檢測的引物

一種全新的DNA甲基化研究方法——Pyrosequencing技術
DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉移酶（DNA methyl-transferase,Dnmt）催化S-腺苷甲硫氨酸作為甲基供體,將胞嘧啶轉變為5-甲基胞嘧啶（mC）的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是唯一存在的化學性修飾鹼基.CG二核苷酸是最主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區域,在哺乳動物中mC約佔C總量的2－7％.一般說來,DNA的甲基化會抑制基因的表達.DNA的甲基化對維持染色體的結構、X染色體的失活、基因印記和腫瘤的發生發展都起重要的作用.
CpG雙核苷酸在人類基因組中的分布很不均一,而在基因組的某些區段,CpG保持或高於正常概率,這些區段被稱作CpG島.CpG島主要位於基因的啟動子和第一外顯子區域,約有60％以上基因的啟動子含有CpG島.CpG甲基化的研究在腫瘤的研究中有著非常主要的地位.通過基因啟動子區及附近區域CpG島胞嘧啶的甲基化可以在轉錄水平調節基因的表達,從而引起相應基因沉默,去甲基化又可恢復其表達.DNA甲基化在生理情況下就參與了控制基因的時空表達,在腫瘤發生時,腫瘤細胞全基因組低甲基化是一個重要特徵.腫瘤細胞基因組甲基化的程度與正常細胞相比僅為20-60% ,同時伴有局部區域基因的高甲基化,包括腫瘤抑制基因、抑制腫瘤轉移和浸潤的基因、細胞周期調節基因、DNA修復基因、血管形成抑制基因等.但是目前研究手段的局限,限制了DNA甲基化的廣泛研究.
近年來,研究者不斷探索定性及定量檢測單個或多個甲基化位點的方法,但由於甲基化多態性區域存在的密度很高,所以對於延伸反應其引物的位置很難設計.Pyrosequencing技術作為一種新的序列分析技術,能夠快速地檢測甲基化的頻率,對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測,為甲基化研究提供了新的途徑.
從原理上來看,Pyrosequencing是一種通過合成方法進行序列分析的方法,它通過核苷酸和模板結合後釋放的焦磷酸引發酶級聯反應,促使熒光素發光並進行檢測.這項技術曾經被用作單核苷酸多態性（SNP）的基因型和單倍型的檢測,以及細菌和病毒的鑒定和分型研究.這項技術的一個主要特點是在Pyrogarm™軟體上顯示的峰值高度來自於序列分析的原始數據,通過峰值的高度可以精確的檢測混合DNA模板中等位基因的頻率.
目前甲基化研究方面,很多甲基化定量分析的報道採用亞硫酸氫鹽處理甲基化樣本,並用混合的PCR產物
作為校正.其主要原理是：亞硫酸氫鹽可以將沒有甲基化的胞嘧啶轉化為尿嘧啶,而在適當的實驗條件下甲基化的胞嘧啶保持不變.因而,用它處理樣本後,再進行PCR擴增,甲基化的位點可以被當作一個C/T的SNP來處理,它的基因頻率為0－100％.在此,我們給大家介紹一個研究人員使用Pyrosequencing技術分析並精確定量DNA甲基化水平的例子.
研究者在一個Pyrosequencing反應中同時檢測了6個甲基化位點.這種方法同樣可以用於石蠟包埋的組織,並且具有較高的重復性和精確性.實驗選擇谷胱甘肽-S-轉移酶π（GSTP1）轉錄啟動位點的CpG島進行檢測.這些位點在正常前列腺組織中是非甲基化的,而在腫瘤樣本中高甲基化.通過PCR擴增一個包含17個甲基化多態位點140bp的片段,並用4個測序引物研究其中15個位點（Table 1）.使用在線的SNP測序引物設計軟體（Pyrosequencing AB）設計測序引物,其中一些甲基化多態性位點用最可能的鹼基所代替,以減少計算的數量.再通過人工檢測測序引物可能存在的錯配.此外,同時在PSQ 96MA DNA分析儀上運行空白對照,扣除由測序引物、生物素標記的引物或是模板引起的背景.
PCR引物設計完全與模板相匹配,不覆蓋任何甲基化多態性區域.使用10ng亞硫酸氫鹽轉化的DNA樣本或是10 fmol純化的PCR產物,10 pmol 正向（5』-GTGATTTAGTATTGG-3』）和反向（5』-biotin-AACTCTAAACCCCATC-3』）引物擴增GSTP1轉錄啟動位點的基因片段,擴增片段長度為144bp.反應體系為60 mM Tris-SO4,pH 8.9,18 mM (NH4)2SO4,1 mM MgSO4,200 μM dNTPs,以及3 U Platinum Taq DNA高保真聚合酶,終體積為50μL.PCR循環設置：首先在95℃下變性4分鍾,然後在95℃ 30S,50℃ 45S以及72℃ 20S條件下重復50個循環,最後一步延伸步驟在72℃下4分鍾,中止反應.PCR反應在Eppendorf的Mastercycler 96
哺乳動物基因組中,DNA甲基化是指CpG二核苷酸中的胞嘧啶第5位碳原

Ⅵ 常用的甲基化試劑有哪些

親電甲基化復試劑：ch3-x，如硫制酸二甲酯、一鹵代甲烷、甲醛+甲酸等，主要用於富電子（鹼性）基團（如氨基）的甲基化，條件：鹼性。
親核甲基化試劑：ch3-mr，m一般為金屬，如格氏試劑、甲基鋅試劑、甲基銅試劑類。用於缺電子基的甲基化，如羰基。條件一般無水無氧。

Ⅶ 重硫酸鹽如何使未甲基化的胞嘧啶轉化為尿嘧啶甲基化特異性PCR擴增要設計三種引物，U和M引物，為何

1C轉化抄成U的具體的過程和原理,見圖

2U引物和M引物設計參見下文

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4ffff6ca0100hy03.html

3兩個引物都擴增出結果，呵呵，可能這個甲基化位點是半甲基化的，或者你的模板沒修飾完全。這些都要測序檢測的

4看看原始文獻Methylation-specificPCR:.PUBMED上有。

Ⅷ 甲基化引物設計是根據目的序列還是根據甲基化後的目的序列來設計引物

一種全新的DNA甲基化研究方法——Pyrosequencing技術 DNA甲基化內是一種表觀容遺傳修飾,它是由DNA甲基轉移酶（DNA methyl-transferase,Dnmt）催化S-腺苷甲硫氨酸作為甲基供體,將胞嘧啶轉變為5-甲基胞嘧啶（mC）的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧。

Ⅸ 甲基化引物和普通有什麼區別具體在哪兒它們合成所用的材料是否相同

ABI將以免費的方式來將一套新開發源的軟體 Methyl Primer Express

這一研究工具主要作用是輔助設計出具有甲基化 (methylation)或硫化 (bisulphite)的特殊聚合酶鏈鎖反應的引物(primers) 。在進行DNA甲基化分析的研究過程中，許多研究人員認為最麻煩也是最花時間的過程，就屬設計出具有專一性辨識能力的特異核酸引物，ABI技術人員指出，這一套軟體幾乎可以在短短五分鍾之內，設計出合用的核酸引物。

目前這套專利權仍屬於ABI
下載地址：
https://procts.appliedbiosystems.com/ab/en/US/adirect/ab?cmd=catNavigate2&catID=602121&tab=Overview

Ⅹ 甲基化msap方法的引物需要篩選嗎

甲基化msap方法的引物需要篩選
DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉移酶（DNA methyl-transferase,Dnmt）催化S-腺苷甲硫氨酸作為甲基供體,將胞嘧啶轉變為5-甲基胞嘧啶（mC）的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是唯一存在的化學性修飾鹼基.CG二核苷酸是最主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區域,在哺乳動物中mC約佔C總量的2－7％.一般說來,DNA的甲基化會抑制基因的表達.DNA的甲基化對維持染色體的結構、X染色體的失活、基因印記和腫瘤的發生發展都起重要的作用.
CpG雙核苷酸在人類基因組中的分布很不均一,而在基因組的某些區段,CpG保持或高於正常概率,這些區段被稱作CpG島.CpG島主要位於基因的啟動子和第一外顯子區域,約有60％以上基因的啟動子含有CpG島.CpG甲基化的研究在腫瘤的研究中有著非常主要的地位.通過基因啟動子區及附近區域CpG島胞嘧啶的甲基化可以在轉錄水平調節基因的表達,從而引起相應基因沉默,去甲基化又可恢復其表達.DNA甲基化在生理情況下就參與了控制基因的時空表達,在腫瘤發生時,腫瘤細胞全基因組低甲基化是一個重要特徵.腫瘤細胞基因組甲基化的程度與正常細胞相比僅為20-60% ,同時伴有局部區域基因的高甲基化,包括腫瘤抑制基因、抑制腫瘤轉移和浸潤的基因、細胞周期調節基因、DNA修復基因、血管形成抑制基因等.但是目前研究手段的局限,限制了DNA甲基化的廣泛研究.
近年來,研究者不斷探索定性及定量檢測單個或多個甲基化位點的方法,但由於甲基化多態性區域存在的密度很高,所以對於延伸反應其引物的位置很難設計.Pyrosequencing技術作為一種新的序列分析技術,能夠快速地檢測甲基化的頻率,對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測,為甲基化研究提供了新的途徑.