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设计探针

发布时间: 2020-12-18 12:28:57

⑴ EMSA探针设计

探针是来一小段单链自DNA或者RNA片段(大约是20到500bp),用于检测与其互补的核酸序列。双链DNA加热变性成为单链,随后用放射性同位素(通常用磷-32)、荧光染料或者酶(如辣根过氧化物酶)标记成为探针。磷-32通常被掺入组成DNA的四种核苷酸之一的磷酸基团中,而荧光染料和酶与核酸序列以共价键相连。
当将探针与样品杂交时,探针和与其互补的核酸(DNA或RNA)序列通过氢键紧密相连,随后,未被杂交的多余探针被洗去。最后,根据探针的种类,可进行放射自显影、荧光显微镜、酶联放大等方法来判断样品中是否,或者何位置含有被测序列(即与探针互补的序列)。

⑵ 如何设计tagman探针

下载相关的设计软件,阅读其说明书。
推荐个:primer express 3.0,这个是ABI推出专门用来设计tagman探针的。说明书和破解版网上都能下到。

⑶ 求助怎么设计mirna引物及探针

miRNA引物设计(茎环法+染料法检测)

设计方法:通用茎环后端加miRNA后面6个碱基的反向互补序列为反内转录引物,正向引物为容miRNA去除后面6个碱基的序列,反向引物在茎环上。

反转录茎环通用序列:miRNA序列:

>mmu-miR-99b-5p
MIMAT0000132 Mus musculus miR-99b-5p

CACCCGUAGAACCGACCUUGCG

mmu-miR-99b-5p反转录颈环引物为:

CGCAAG

定量PCR反向引物为:TGTCGTGGAGTCGGC

正向引物为:CACCCGTAGAACCGAC

⑷ 如何针对一种物质设计荧光标记探针

1.探针分抄为好多种,你要先袭决定你用何种,是RNA探针还是DNA探针,杂交时,RNA-RNA结合的稳定性要比DNA-RNA好,所以RNA探针具有结合牢固、背景低等优点;DNA探针背景稍微深一些,不过也可以,标记方法比前者简单一些,另外还有寡核苷酸探针,此类探针分子量小,通透性好,但就是标记的敏感性不高。
2.原位杂交相比免疫组化,定位相对准确,但如果蛋白在间质中发挥作用,原位杂交就检测不出来了,结合图像分析,原位杂交也可以对目的基因的转录半定量。
3.首先是标本对照,这个包括阳性对照和阴性对照;第二个是探针对照,主要是明确探针的特异性;第三个是探针正义连阴性对照,第四个未标记探针竞争抑制;第五个不含探针的阴性对照;第六个质粒对照,第七个无关探针对照。
4.若要定量,该试验不可行,还是作Northern,若要显示形态、定位,最好结合免疫组化。

⑸ dna杂交探针设计一般用什么修饰

将此重组质粒标记后作探针进一步鉴定。细菌的基因组大小约5×106bp,常常是比较繁琐的。这些DNA探针的获得有赖于分子克隆技术的发展和应用、原虫、动物和人类细胞DNA探针,产生杂交信号的克隆被剔除DNA分子杂交技术用什么做探针 DNA探针是最常用的核酸探针,它所编码的蛋白是该菌种所特有的、真菌、病毒,即将细菌DNA切成小片段后分别克隆得到包含基因组的全信息的克隆库。然后用多种其它菌种的DNA作探针来筛选,或某一非编码序列,所不同的是所建DNA文库为可表达性,亦可经DNA序列分析鉴定其基因来源和功能。用这种表达文库筛选得到的显然只是特定基因探针,克隆菌落或噬斑经裂解后释放出表达抗原。因此要得到一种特异性DNA探针。这些DNA片段须是特异的,约含3000个基因,所得到多个阳性克隆再经其它细菌的抗血清筛选。各种细菌之间绝大部分DNA是相同的,指长度在几百碱基对以上的双链DNA或单链DNA探针。现已获得DNA探针数量很多。以细菌为例,然后用来源细菌的多克隆抗血清筛选阳性克隆,要获得某细菌特异的核酸探针,通常要采取建立细菌基因组DNA文库的办法,最后剩下的不与任何其它细菌杂交的克隆则可能含有该细菌特异性DNA片段。探针DNA克隆的筛选也可采用血清学方法,分子杂交技术用于细菌的分类和菌种鉴定比之G+C百分比值要准确的多,是细菌分类学的一个发展方向。这类探针多为某一基因的全部或部分序列。加之分子杂交技术的高敏感性,最后只与本细菌抗血清反应的表达克隆即含有此细菌的特异性基因片段,如细菌的毒力因子基因探针和人类Alu探针,分子杂交在临床微生物诊断上具有广阔的前景,有细菌

⑹ 有会引物和探针设计的吗

引物是用来扩增片段用的,而探针,探针上面有荧光基团,完整时检测不到荧光,与两引物之间的目的基因结合。
PCR扩增过程中,探针被切断,可以检测到荧光。扩增得到的目的基因越多,那么探针被切断的也越多,检测到的荧光也越多,所以常用来做定量PCR。
增加特异性的引物所具有的特点:
(1)序列选取应在基因的保守区段;
(2)扩增片段长度根据技术的不同有所分别:
(3) sybr green I技术对片段长度没有特殊要求;
(4)Taqman探针技术要求片段长度在50bp-150bp;
(5)避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对;
(6)避免引物自身形成环状发卡结构;
(7)典型的引物18到24个核苷长。引物需要足够长,保证序列独特性,并降低序列存在于非目的序列位点的可能性。但是长度大于24核苷的引物并不意味着更高的特异性。较长的序列可能会与错误配对序列杂交,降低了特异性,而且比短序列杂交慢,从而降低了产量。Tm值在55-65℃,GC含量在40%-60%;
(8)引物之间的TM相差避免超过2℃;
(9)引物的3’端避免使用碱基A;
(10)引物的3’端避免出现3个或3个以上连续相同的碱基。
(11)为避免基因组的扩增,引物设计最好能跨两个外显子。

⑺ 引物设计和探针设计有什么区别

引物是用来来扩增片段用的,自而探针,探针上面有荧光基团,完整时检测不到荧光,与两引物之间的目的基因结合,PCR扩增过程中,探针被切断,可以检测到荧光。扩增得到的目的基因越多,那么探针被切断的也越多,检测到的荧光也越多,所以常用来做定量PCR。

⑻ Padlock 探针设计

这些专业的问题,可以上忽米网找找专业人士问问。

⑼ 如何用primer3设计taqman探针

探针是一小段单链DNA或者RNA片段(大约是20到500bp),用于检测与其互补的核酸序列。双链内DNA加热变性成容为单链,随后用放射性同位素(通常用磷-32)、荧光染料或者酶(如辣根过氧化物酶)标记成为探针。磷-32通常被掺入组成DNA的四种核苷酸之一的磷酸基团中,而荧光染料和酶与核酸序列以共价键相连。

⑽ 请教波导微带过渡——探针结构设计

我是说波导内用阶梯过度到微带的场,加工的时候一体加工,不是中间在用一个探针来过度

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