简并引物设计

⑴ 简并引物是什么设计的原则或原理是什么

利用NCBI搜索不同物种中同一目的基因的蛋白质或cDNA编码的氨基酸序列 因为密码回子的关系，不同是指代表编码答单个氨基酸所有不同碱基可能性的不同序列的混合物。密码子具有简并性，单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的，但可以设计成对简并引物，扩增所有编码已知顺序的核酸序列。用简并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变，但核苷酸的数量应相同。的核苷酸序列可能表达的氨基酸序列是相同的，所以氨基酸序列才是真正保守的

⑵ 抉择：简并引物设计的最佳设计软件

一直用primer，还有实验室老板自己写的一个软件，感觉诧异都不大，因为基本的要满足的要素都是一样的，最后也都能拿到蛋白，CODEHOP没用过，感觉万变不离其宗。

⑶ 能不能指点一下简并引物怎么设计

① 引物应在核酸系列保守区内设计并具有特异性。
引物与非特异扩增序列的同源性不要超过70%或有连续8个互补碱基同源。

② 产物不能形成二级结构。
某些引物无效的主要原因是引物重复区DNA二级结构的影响，选择扩增片段时最好避开二级结构区域。

③ 引物长度一般在15~30碱基之间。

④ G+C含量在40%~60%之间。

⑤ 碱基要随机分布。
引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超 过3个连续的G或C，因这样会使引物在G+C富集序列区错误引发。

⑥引物自身
引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹状结构牙引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。若用人工判断，引物自身连续互补碱基不能大于3bp。

⑦引物之间
两引物之间不应不互补性，尤应避免3′端的互补重叠以防引物二聚体的形成。一对引物间不应多于4个连续碱基的同源性或互补性。

⑧ 引物5′端可以修饰。
引物的5′端限定着PCR产物的长度，它对扩增特异性影响不大。因此，可以被修饰而不影响扩增的特异性。引物5′端修饰包括：加酶切位点；标记生物素、荧光、地高辛、Eu3+等；引入蛋白质结合DNA序列；引入突变位点、插入与缺失突变序列和引入一启动子序列等。

⑨ 引物3′端不可修饰。
引物的延伸是从3′端开始的，不能进行任何修饰。3′端也不能有形成任何二级结构可能，除在特殊的PCR（AS-PCR）反应中，引物3′端不能发生错配。

⑩ 引物3′端要避开密码子的第3位。
如扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增特异性与效率。

⑷ 如何对含有简并碱基的序列设计引物

根据密码子的兼并性,常用一个符号代替某两个或者更多碱基。例如，编译丙氨版酸权的可以有4个密码子：GCU\GCC\GCA\GCG,这时生物学上为了方便，用字母N指代UCAG四个碱基，故说编译丙氨酸的密码子是GCN，其中N就是简并碱基。
通常生物学上根据蛋白质序列设计引物进行对应DNA克隆时，由于密码子的兼并性，对设计的引物上的某些碱基就会用简并碱基标示，在合成时各种碱基等量分配，也就是说，合成的简并引物是很多种引物的集合，其区别就在于简并碱基。

⑸ 简并引物 特异引物 还有16s的引物有什么不同 用它们PCR出来的产物 看条带能看出来吗

1、简复并引物 ：序列未完全清楚的制核酸的一种引物设计方案,比如TGGC(x)AAT,则设计引物时（X）位置可分别用ATCG四条引物
特异引物 ：这个不用说吧,就是序列清楚后自己根据上下要设计的普通引物
16s的引物：常被用于鉴定,一般引物可在文献、网站上找到.16S rRNA所对应的 16S rDNA基因在细菌基因组中具有高度保守性；对于同一种细菌其16S rDNA基因组的同源性应大于70 %.对16S rDNA而言,如果出现3个碱基以上的差异就可以断定细菌不属于同一种属；
2、PCR出来的产物看条带比较的是大小,16S rDNA挺多用的是150bp左右的,但简并引物和特异引物则看具体情况了,如果设计的引物区间差异大,是可以分开的

⑹ 如何用 primer premier5 设计引物 要 简并引物 给个详细流程。谢谢

给个邮箱，我把流程发给你....有截图的那种，这样没法写

⑺ 简并引物中可以有连续两个简并碱基吗

可以，一般很少有连续2个碱基兼并的，你是要反转录？还是做PCR

⑻ 各位大神，求助大神们怎么设计简并引物

中文名称：简并引物来英文名称：源 degenerate primer 定义：获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案,特点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以分别是两个或两个以上不同的碱基,结果所合成的引物是该位置上不同序列的混合物. 应用学科：生物化学与分子生物学（一级学科）；方法与技术（二级学科）

⑼ 用简并引物扩增基因 需要用高保真酶吗

用简并引物扩增基因 需要用高保真酶
一般对于已知序列的PCR当然不要专从保守序列来设计引属物,只要从开放可读框前后开始设计就行了.需要从保守序列设计引物的情况一般是两种,一是某个物种里面某个特定基因序列从未被分离过,但其进化关系相近的物种有分离出这个基因的同源基因,这样我们可以调取这些同源基因,对比查看它们的保守序列设计引物,然后就利用这对引物就可以获得这个物种的这个基因的部分序列.然后再设计RACE获得全长序列.另外一种情况则是设计通用引物,很多情况下我们并不需要知道某些基因的全部信息,只要知道他有没有,这种时候就可以根据保守序列设计通用引物.这样的引物可以跨越很多物种获取同一个基因的信息,而不需要根据某特异的物种额外设计多种引物.（搬运过来的，希望对你有帮助）

⑽ 荧光定量简并引物可行吗

完全可以,我都做成产品了