测序设计

『壹』 测序引物是怎么设计的

在互补链设计的dna引物序列。一般是pcr产物的下游引物，如果连接到载体上可以使用载体通用的下游测序引物。

『贰』 测序引物是怎么设计的

和PCR引物类似，都是用引物设计软件设计的，如果primer5.只是将引物的类型改为sequencing primer

『叁』 在良好的结果上设计引物测序为什么会出现无信号

样品本身被污复染,这常制常发生在样品为质粒和菌液的情况中.当使用通用引物测序时,如果刚好和样品中的几个质粒均能结合,那么就会出现这种情况,而且在同一位置上还可能有不止两个峰形；样品不是单一模板,这常常发生在样品为PCR产物的情况中.由于使用的是特异性引物,因此即使模板中有其他DNA的存在,产生干扰的可能性也很小.通常是由于存在两条分子量很接近,采用琼脂糖电泳无法分开的条带,在测序时就会发生这种情况；
样品中存在两个引物结合位点,这常常发生在样品中存在重复序列的情况下.当引物恰好设计在重复序列中时,那么在重复序列以外的部分就会出现Twopattern的情况；所用的测序引物不纯,这种情况一般发生在PCR产物测序中.因为PCR测序一般使用的都是PCR扩增引物,如果引物本身不纯,测序结果会出现双峰.所以我们测序的引物一般要求都是要经过PAGE纯化的；测序样品序列中存在如重复序列,poly结构,发夹结构等复杂结构导致测序信号出现乱峰.

『肆』 我的测序结果存在这样的polyT结构，我想以此位点设计引物，请问可行吗

我一般不会选用这种引物测序，如果是要避开POLY结构可以采取双向测序。
不过，就你列举的这个序列直接测，应该不会受太大影响，根据我的经验像这种被隔开的POLY不容易影响测序结果，只有在连续的POLY大于8个碱基时才会影响测序。

『伍』 如何利用测序得到的read1和read2来设计引物

有专门的引物设计软件，可以用来快速设计引物。

『陆』 设计引物要先对模板DNA测序吗不测序的话又如何知道能设计出碱基互补的引物呢

引物： 引物是PCR特异性反应的关键，PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的回程度。理论上，答只要知道任何一段模板DNA序列，就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物，利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增。
但在设计引物时还应该遵循以下原则：
①引物长度： 15-30bp，常用为20bp左右。
②引物扩增跨度： 以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb的片段。
③引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
④避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3’端的互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。
⑤引物3’端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。
⑥引物中有或能加上合适的酶切位点，被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点，这对酶切分析或分子克隆很有好处。
⑦引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。

『柒』 测序预测的lncrna怎么设计引物

您好 ①包括细胞质内的细胞器，细胞质包括细胞质基质和细胞器 ②原生质层是由细胞膜、液泡膜和两层膜之间的细胞质构成的，它是植物细胞特有的一种结构，具有选择透过性。细胞核及液泡里面的细胞液都是原生质的组成部分，但不是原生质层的组成部分

『捌』 测序引物是怎么设计的

和PCR引物类似，都是用引物设计软件设计的，如果primer5.只是将引物的类型改为sequencing
primer

『玖』 转录组测序获得生物公司提供的基因序列号后，如何知道基因名称，以便用于设计引物，开展验证实验

基因ID可以直接去NCBI查

『拾』 第三代DNA测序实验室设计方案

确实如此，二代实验室测序已经完善，三代慢慢成熟，四代DNA测序实验室正在研发。

第三代基因测序技术又被为"Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing"（单分子实时DNA测序技术），该方法基于纳米孔的单分子读取技术，不需要扩增即可快速读取序列。目前，Pacific Biosciences公司已经成功推出了商业化的第三代测序仪PacBio RS平台，使得第三代测序正式走入人们的视角。

PacBio RS II是Pacific Biosciences公司研发的单分子实时测序系统（Single Molecule Real Time, SMRT），其专利的SMRT Cell含有15,000个纳米级的零模波导孔（zero-mode waveguides, ZMWs），每个ZMW都能够包含一个DNA聚合酶及一条DNA样品链进行单分子测序，并实时检测插入碱基的荧光信号。深圳创美实业已经对第三代DNA测序实验室有着娴熟的技术，并且已经通过认可。具体可以访问他们的官网