在线引物设计
① 为什么在线引物设计软件设计的引物在目标基因内找不到对应序列
一般对于已知序列的PCR当然不要从保守序列来设计引物,只要从开放可读框内前后开始设容计就行了.需要从保守序列设计引物的情况一般是两种,一是某个物种里面某个特定基因序列从未被分离过,但其进化关系相近的物种有分离出这个基因的同源基因,这样我们可以调取这些同源基因,对比查看它们的保守序列设计引物,然后就利用这对引物就可以获得这个物种的这个基因的部分序列.然后再设计RACE获得全长序列.另外一种情况则是设计通用引物,很多情况下我们并不需要知道某些基因的全部信息,只要知道他有没有,这种时候就可以根据保守序列设计通用引物.这样的引物可以跨越很多物种获取同一个基因的信息,而不需要根据某特异的物种额外设计多种引物.(搬运过来的,希望对你有帮助)
② 微卫星引物设计的时候有要求3‘端不能是A吗为什么,在线等待
这个在引物设计上都是不建议3‘端是A,T的,因为A,T只有两个氢键,结合力不如GC强,而且做PCR,要求的就是3'端严格匹配且稳定,最好不要是连续的AT,并最好以C或G结尾,当然如果实在没法设计,最后一位怎么也不能设计到GC上,也尽量控制末端的几个碱基里GC多一点。
希望能够帮到你~望采纳~谢谢~
③ 如何在线设计qPCR引物
如果反转录体系里面有基因组残留,而且你的引物没有跨内含子,这样的情况下就很容易造成你的ct偏小(除了cdna扩增外,基因组的模板也会作为模板进行扩增,导致模板起始量偏高);cdna逆转后是切除内含子的,而基因组是存在内含子的,如果你的引物设计在了跨两个外显子的区域,则只能扩增cdna而不扩增基因组。
引物不跨外显子设计也可以,但是必须保证你用的逆转录试剂盒里面的gdna
wiper
可以完全去除你的基因组,你实验的时候可以做一个nrt的对照看一下有没有基因组污染。我做好几个基因的引物就没有跨外显子设计,用的是r223
hiscript
ⅱ
q
rt
supermix
for
qpcr(+gdna
wiper),每次nrt也没有扩增,去除基因组效果不错。
④ 在线Primer3引物设计怎么用
首先是看你设计的引抄物是干什么用的 如果是用来做普通PCR检测 或者 Realtime PCR的话 把mRNA序列拷贝进去 选择相应大小 原则上讲 普通PCR产物大小在250~600bp Realtime PCR的产物大小控制在100到200之间最好 最大不超过250 系统给出的引物对进行BLAST分析 选择跨外显子引物对
不需要太关心引物设计经典规则 比如末端不能有什么碱基 GC%是多少 Primer3自己的设计算法非常好 及时设计出的引物有二聚体 发卡结构等绝大多数情况都不影响使用 甚至是非常好用
如果是扩则固定序列的话 基本不需要使用Primer3 看一下GC%比较平均 没有连续重复序列的就可以了 这部分是另说
⑤ primer3引物设计结果怎么只有下游引物是原基因的互补序列,上游引物是原序列直接在线设计的
对的 就是这样的 好好学学PCR原理吧孩子~
⑥ 已知一个SNP位点,怎么设计引物用在线的引物设计。
比如说用primer3,你就把找到的包括这个SNP的一段序列进去,在你的snp周围用方括号包括一段序列,然后让primer3设计就可以了
⑦ 简并引物是什么设计的原则或原理是什么在线等,急!!!
http://ke..com/view/3796392.htm?fromTaglist
中文名称:
简并引物
英文名称:
degenerate primer
定义:
获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案,特内点容是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以分别是两个或两个以上不同的碱基,结果所合成的引物是该位置上不同序列的混合物。
应用学科:
生物化学与分子生物学(一级学科);方法与技术(二级学科)
⑧ 怎样在线做PCR引物设计
网络输入primer3,应该有2-4个网站可以设计引物,直接把序列放进去就可以了
⑨ 如何在线设计qPCR引物
设计引物原则
(1)引物最好在模板cDNA的保守区内设计;
(2)引物长度一般在15~30碱基之间,过回长会导致其延伸温度大于答74℃,不适于TaqDNA聚合酶进行反应;
(3)引物GC含量在40%~60%之间,Tm值最好接近72℃。引物的Tm值是寡核苷酸的解链温度,一般计算公式Tm=4(G+C)+2(A+T)估计引物的Tm值;
(4)引物自身及引物之间不应存在互补序列。引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹结构使引物本身复性;
(5)引物应具有特异性。引物设计完成以后,应对其进行BLAST检测。如果与其它基因不具有互补性,就可以进行下一步的实验了;
(6)引物扩增长度:一般RT-PCR引物扩增长度在100-200bp,常规PCR扩增长度建议200-500bp。一般PCR产物达到2-3k长度也是可以的,但要考虑到可能引入突变,因此建议使用高保真的聚合酶。